Shinkansen Henkei Robo Shinkalion Z the Animation Untuk melindungi perdamaian dan keamanan Jepang dari Makhluk Raksasa Raksasa yang misterius, “Shinkansen Transformable Robot Shinkalions” dikembangkan oleh Shinkansen Ultra Evolution Institute. Dalam persiapan untuk serangan musuh baru, Ultra Evolution Institute sedang mengembangkan tipe baru robot yang disebut “Shinkalion Z” serta kendaraan perangkat tambahan bersenjata baru yang disebut “Zailiners” yang berubah dari kereta konvensional menjadi kekuatan “Shinkalion Z”. Anak-anak yang menjadi pengemudi “Shinkalion Z” dengan tingkat Kompatibilitas tinggi akan bekerja bersama dengan anggota staf institut untuk menghadapi Makhluk Mengerikan Raksasa yang muncul kembali! Munculnya musuh yang tidak diketahui- Dan pertemuan dua anak laki-laki.