Somali to Mori no Kamisama bercerita tentang dunia yang sudah dikuasi oleh roh, goblin dan segala macam makhluk aneh. Pasca perang besar manusia dengan parah roh dan makhluk lainnya, umat manusia dalam masa-masa kepunahan. Sudah puluhan tahun tidak ada ras manusia yang terlihat didunia ini, termaksud di lebat nya hutan yang di jaga oleh Golem.

Suatu hari sang penjaga hutan tersebut menemukan sesuatu yang mengejutkan, dia menemukan anak manusia yang tengah ketakutan di lebatnya hutan. Dan anak manusia itu memanggilnya dengan nama Ayah dan ikatan orang tua mereka pun mulai terbentuk. Beberapa tahun berlalu, anak tersebut diberikan nama Somali mereka berdua melakukan perjalan untuk mencari keberadaan ras manusia yang tersisa. Mungkin disana juga ada orangtua dari Somali yang tersesat dalam hutan.

Walaupun perjalanan mereka sangatlah tidak mudah, ras manusia sudah dijadikan musuh karena perang besar dan mereka semua diburu. Karena itu Golem harus pandai menyembunyukan Somali dari mahkluk-mahkluk yang berusaha memburu Somali. Gimanakah kisah selanjut dari mereka mereka berdua?