Steins;Gate 0 6 bulan berlalu setelah Okabe Rintaro tak berhasil mengubah masa lalu dan memilih berdiam diri di garis waktu di mana Makise Kurisu mati . Dia pun menanggalkan identitasnya sebagai seorang ilmuwan gila. Putri dari Daru di masa depan yaitu Suzuha Amane yang kembali ke masa lalu, berusaha membujuk Rintaro agar bersedia membantunya untuk mencegah terjadinya Perang Dunia Ketiga. Karena masih trauma dengan kegagalannya mengubah garis waktu, Rintaro terus menolak ajakan Suzuha. Lalu suatu hari, Okabe yang mengikuti sebuah seminar yang diadakan oleh Profesor Alexis Leskinen dibuat terkejut karena di sana ia mendapati Kiryu Moeka. Saat seminar berlangsung, Alexis dan Maho mempersembahkan Amadeus, sebuah program kecerdasan buatan yang diciptakan oleh Kurisu sebelum dia meninggal .