Vandread Vandread mengambil setting pada masa depan, ketika manusia sudah bermigrasi ke planet lain. Karena suatu hal, kaum pria dan wanita hidup terpisah. Kaum pria tinggal di Planet Tarak, sementara kaum wanita di planet Mejale. Kedua kaum nyaris tak memiliki kontak kecuali saat konflik, sehingga muncul berbagai rumor, misal bahwa kaum wanita memakan jantung para pria.

Hibiki, seorang penduduk kelas 3 dari Tarak yang merupakan seorang teknisi. Jenuh akan kehidupan sehari-harinya yang membosankan, ia menyusup ke kapal perang Ikazuchi yang baru diresmikan dan akan memulai penerbangan perdananya. Kapal tersebut mencuri salah satu Vanguard – robot yang dipersiapkan untuk menghadapi perang dengan kaum wanita. Tapi Hibiki malah terjebak di planet Mejale dan menjadi sandra disana.