Yoru no Kuni anime ini akan menceritakan beberapa kisah sesuai dengan episode nya;

22-ji no Annaibito Menolak menerima kematian anjing kesayangannya, Choco, seorang gadis muda bernama Chiyo tertidur, hanya untuk terbangun di Night World. Dia disambut oleh Yoru, sebuah entitas yang memandu dia melalui wilayah waktu yang paling gelap dan indah. Saat Chiyo belajar untuk mengatasi kehilangan di hatinya, dunia tanpa bintang di sekitarnya mulai terang benderang.

26-ji no Sagashimono Sejak kecil, sahabat karib Hina dan Tsumugi telah menggunakan buku harian pertukaran sebagai tanda persahabatan mereka. Kesal karena Hina ingin membuka buku harian untuk menyertakan seorang gadis baru yang telah dijadikannya teman, Tsumugi yang cemburu membuangnya. Saat tertidur, ia terbangun di depan labirin di Night World. Awalnya menolak bantuan Yoru, Tsumugi mencari jawaban untuk masalahnya, namun ia dihadapkan pada perasaannya yang kesepian.

4-ji no Tegami Pagi yang lain mendekat, dan pemikiran itu membuat Akatsuki merasa ngeri. Merasa putus asa karena ketidakmampuannya membangun karier, ia mulai membuang karya seninya, tersandung pada sebuah buku sketsa lama dalam proses tersebut. Di dalam buku itu terdapat surat dari seorang teman lama yang, dahulu kala, pernah memberinya harapan. Saat ia terus menyusuri barang-barangnya, Akatsuki mulai mengingat identitas temannya itu—dan ia bahkan mungkin menemukan kembali hasratnya yang memudar untuk melukis.