zegapain Kyou Sogoru adalah anak SMA pada umumnya dia juga pandai dalam renang dan tinggal di Kota Maihama yang indah. Dia menghabiskan hari-harinya bergaul dengan teman-teman, berenang, dan bermain video game. Namun, kehidupan normalnya berubah ketika seorang gadis cantik dan misterius bernama Shizuno Misaki mendekatinya dengan permintaan aneh yaitu, melompat ke kolam renang sekolah mereka bersama.

Saat dirinya melompat ke sana, dia pindah ke dunia yang sedang di landa peperangan. Di dunia tersebut umat manusia menggunakan robot humanoid yang di sebut Zegas dan melawan alien yang di kenal sebagai Gards-Orm. Organisasi dunia membentuk Cerebrum, organisasi tersebut di buat untuk melawan para Gards-Orm dan mencegah kepunahan manusia. Saat Kyou berpartisipasi dalam operasi tempur, bertemu dengan sesama pilot Zega, dan menyaksikan kematian yang tak terhitung jumlahnya, ia mulai mempertanyakan sifat sebenarnya dari dunia ini serta kehidupannya sendiri.