Zero kara Hajimeru Mahou no Sho bercerita tentang seorang Loli bernama Zero yang merupakan penyihir yang tidak peduli dengan situasi dunia . Sementara Mercenary adalah manusia setengah binatang yang ingin menjadi manusia seutuhnya . Penyihir adalah seorang yang menggunakan sihir dalam kehidupannya , namun pada era ini tidak ada yang tahu tentang seni dan ilmu sihir . Zero memulai perjalanan bersama dengan mercenary untuk mencari “The Book of Zero” , sebuah buku ajaib yang didalamnya tersimpan kekuatan yang dapat menghancurkan dunia .