Zoids Genesis Bencana alam telah menghancurkan planet Zi, membunuh hampir semua kehidupan. Seribu tahun kemudian manusia telah secara bertahap mendirikan kembali peradaban, menyelamatkan Zoid kuno melalui penyelaman dan pertambangan. Di sebuah desa yang menyembah sebuah pedang raksasa kuno yang mereka anggap sangat suci.

Seorang anak laki-laki menemukan sebuah Zoid jenis Liger kuno didalam danau. Lalu warga desapun berusaha mengangkatnya. Saat itulah, tiba-tiba desa diserang oleh Bio-Zoid tengkorak yang mendeteksi adanya generator yang kuat di desa. Anak itu akhirnya membangunkan Liger dan menyadari kalau pedang suci desa mereka adalah senjata Liger, bersama-sama mereka melawan Bio-Zoids misterius.